IAIN bertambah pesat dan melahirkan cabang-cabangnya di berbagai wilayah ditambah dengan tumbuhnya perguruan tinggi swasta, diantaranya UNJ, UM, UNISBA, UNISMA. Pendidikan Islam mengalami kemajuan dalam mengiringi modernitas. Terakhir pada tahun 2002, IAIN Syarif Hidayatullah berubah menjadi UIN (Universitas Islam Negeri) Syarif Hidayatullah yang di dalamnya menyelenggarakan pendidikan selain fakultas-fakultas Agama juga membuka ptogram pasca sarjana